Eine umfassende Antwort auf den Ursprung der Galápagos Inseln konnte erst 1958 gefunden werden, als Kontinentaldrift, oder Plattentektonik, entdeckt wurde. Wir wissen nun, dass die Oberfläche der Erde aus massiven tektonischen Platten besteht, die langsam über den Globus driften. Die Formation der Inseln ist nah angeknüpft an die Geschichte der Nazca Platte, auf der sie liegen. 

Galápagos liegt an der nördlichsten Ecke der Nazca Platte, welche von der Cocos Platte (nördlich), der Pazifiplatte (westlich), der südamerikanischen Platte (östlich) und der antarktischen Platte (südlich) begrenzt wird (siehe Karte). Die Nazca Platte selbst driftet momentan südlich, weg von der Cocos Platte und östlich, weg von der Pazifik Platte. Die Nazca Platte kollidiert mit der südamerikanischen Platte. Dort, wo sich die beiden Platten treffen, schiebt sich die südamerikanische Platte, welche aus leicher kontinentaler Kruste besteht, über die Nazca Platte, welche aus dichter ozeanischer Kruste besteht. Dieser Typ von Platteninteraktion wird Subduktion genannt.

Wenn die Nazca Platte in den Mantel gedrückt wird, schmilzt sie und ihre Schmelzprodukte arbeiten sich ihren Weg hoch zur Oberfläche und formen den Vulkan. Das Land wird weiterhin durch Reibeffekt angehoben, da die westliche Ecke des Kontinentes sich über die sinkende Platte schiebt. Das Resultat dieser Aktivität sind die Anden, eine junge, hochvulkanische und schnell wachsende Gebirgskette. Dieselbe Bewegung der Nazca Platte ist verantwortlich für die Anordnung der vulkanischen Inseln, die wir Galápagos nennen. 
  
Es gibt viele Beweise für die Existenz enormer Mantelplumes, die nahe des Erdkerns entstehen und den ganzen Weg hoch bis zur Kruste erwachsen. Diese Plumes scheinen über viele Millionen Jahre hinweg stabil gewesen zu sein und mit der Zeit brennen sie durch die Kruste und formen so einen Unterwasservulkan, der irgendwann so hoch wächst, dass er zu einer Inseln wird. Aber da die Krustenplatte in ständiger Bewegung ist, wird die Insel sich bewegen, weg von der heißen Quelle. Sie macht Platz für eine zweite vulkanische Insel und für eine dritte und einer vierte...so werden Archipele wie die Galapagos Inseln geformt.

Die Inseln, die am weitesten weg sind vom "Hot Spot", sind älter und erodierter, während Inseln, die nahe am "Hot Spot" liegen, jünger und steiler sind. San Cristóbal, die Insel, die dem Festland am nächsten kommt, ist schätzungsweise 4 Millionen Jahre alt  und besteht aus erodierten, runden Kegeln. Fernandina hingegen ist circa 7000 Jahre alt und wird als einer der aktivsten Vulkane der Welt angesehen. Kürzlich wurden ehemalige Galápagos Inseln, jetzt wieder unter Wasser, zwischen San Cristóbal und dem Festland entdeckt. Diese Entdeckung könnte das Alter der jetzigen Inseln verdoppeln. Und tatsächlich, in einigen Millionen Jahren könnten die heutigen Inseln genauso wieder in den Wellen versinken und einer neuen Galapagos Inselgruppe Platz machen. Wer weiß schon, welchen Kurs die Evolution ansteuert?!