Puerto Villamil liegt an der südöstlichen Küste von Isabela, im Hauptsiedlungsgebiet der Insel, und ist eine kleine friedliche Stadt mit einer entspannten Atmosphäre. Es bietet eine duchaus andere Erfahrungen als die Touristenshops auf Puerto Ayora.
Villamil und die Nachbarsiedlung Santo Tomas wurden 1897 von Antonio Gil gegründet. Villamil begann als das Zentrum der Kalkproduktion. Der Kalk wurde hergestellt, indem Korallen aus der Inselgegend verbrannt wurden. Santo Tomas diente als Schwefelmine und Kaffeeplantage. Diese Projekte waren nur begrenzt profitabel aufgrund von Wasserlimitationen auf den Galapagos Inseln.
Zusammen haben Villamil und Santo Tomas jetzt eine Bevölkerung von circa 1000 Bewohnern. 
Es gibt eine Vielzahl von Zimmern für Besucher, auch benötigte Ausstattung für solche, die gern Nähe des Sierra Negra Vulkans klettern gehen wollen, kann hier geliehen werden.
Villamil wird oft als schönste Gegend der Galapagos Inseln bezeichnet, mit seinen langen weißen, palmengesäumten Stränden. Hinter Villamil gibt es diverse Bracklagunen, wo oftmals Pinkfarbene Flamigos, Stelzen, Regenbrachvögel, Bahama Enten und Sultanshühner gesichtet werden. In den Lagunen wird von November - April gebrütet. An den Stränden und Lagunen Nähe Villamil kan man Zugvögel besser als an jedem anderen Ort auf Galapagos beobachten.
