Nachdem Villamil die Inseln verlassen hatte, wurde Galapagos als idealer Ort berachtet, um ein Gefängnis aufzubauen, da die Distanz zum Festland es unmöglich machte, zu fliehen, Nahrung und Wasser waren ungenügend vorhanden, so dass die Gefangenen kaum überleben würden. Manchmal waren die Gefangenen völlig ohne Mittel, was die Verurteilten veranlasste, neue Verbrechen zu begehen. Ein Gefangener namens Briones kaperte ein Walfängerboot und flüchtete mit Mitgefangenen zum Festland. Dort tötete er 28 Männer am Eingang des Golfs von Guyaquil. Er beging somit das bekannteste Verbrechen.
Dieser Vorfall rief einen starken Streit hervor, denn die Besitzer der Walfängerschiffes verlangten hohe Zahlungen als Wiedergutmachung von der Regierung.
1860 entdeckte ein Walfänger die Orchilla Lichen, eine wertvolle Pflanze zum Einfärben. Verschiedene Geschäftsmänner versuchten, die Pflanze zu verwerten, unter ihnen Mr. Jose Valdizan, ein Spanischer Geschäftsmann aus Guayaquil. Er erhielt die Rechte an der Pflanze im Jahr 1869 und zog nach Floreana, wo er Plantagen anbaute und pflegte, nachdem das Geschäft zusammenbrach. Entgegen der Meinung aller anderen glaubte er daran, dass er die Verurteilten dazu bringen könnte, auf seinen Plantagen zu arbeiten und sie mit eben dieser Arbeit und mit Freundlichkeit für sich gewinnen können. Nun, Valdizan wurde am 23. Juli 1878 verräterisch ermordet. Die Insel wurde wieder einmal verlassen und die Haustiere dort frei gelassen. Arbeiter wollten nicht zurückkehren, da sie glaubten, die Insel sei verflucht.
Ein Jahr später, 1879, startete Manuel J. Cobos auf der Insel San Cristobol ein Agrikulturzentrum, genannt "El Progreso", recht nahe am Hafen. Die ersten Produkte inkludierten Leder von verwildertem Vieh, Öl von Schildkröten und Fischen. Rohrzuckerplantagen für eine Fabrik wurden bewirtschaftet. Diese Fabrik wurde im Jahr 1891 in Betrieb genommen. Leider wandelte sich "El Progreso" eher in ein Konzentrationslager mit Zwang zur Arbeit und wo Cobos' Wille das einzige Gesetz war. Er machte die Entscheidungen über das Leben, den Tod oder die Verbannung seiner Gefangenen auf andere isolierte Inseln. Camilo Casanova wurde auf Santa Cruz verbannt und so quasi zum Replikat on Robison Crusoe. M.J. Cobos wurde am 15.01.1904 von einer Gruppe seiner Arbeiter ermordet.
Die Norweger haben seit 1880 Interesse an den Galapagos Inseln gehabt, da es hier viel Fisch und die Möglichkeit gab, Wale zu fangen. 1908 krachte ein norwegisches Schiff gegen die Westseite des Archipels und ein Teil der Crew strandete für merere Monate auf Santa Cruz. Bei ihrer Rückkehr nach Norwegen überzeugten sie viele ihrer Landsleute, auf diese Inseln auszuwandern. Viele Gruppen kamen im Jahr 1926 hier an und 2 Kolonien wurden auf Floreana und auf Santa Cruz gegründet. Unglücklicherweise waren die Lebensbedingungen nicht so, wie erwartet und innerhalb von weniger als 2 Jahren war ein Großteil der Norweger wieder nachhause zurückgekehrt. Kapitän Bruun der norwegischen Marine unternahm einen letzten Versuch, die Inseln zu kolonisieren, aber er kam auf tragische Weise im Juli 1931 auf Isabela ums Leben.
Im August 1929 kamen Doktor Friedrich Ritter und Dore Stranch auf Floreana an, 2 Verliebte, die unter ihrer eigenen Philosophie leben wollten, isoliert von der dekadenten Gesellschaft daheim. Ihre Berichte zogen mehr Menschen mit ähnlichen Ideen an, aber niemand blieb wirklich lang dort, außer die Familie Wittmer (Heinz, Margaret und Harris) aus Köln. Einige Monate später kam eine Österreicherin hinzu, die sich als Baroness vorstellte und zusammen mit 3 Liebhabern erschien. Die Insel wurde augrund verschiedener Intrigen und der neuen Bewohner schnell zu einer kleinen Hölle. Der erste der Liebhaber kehrte schon nach wenigen Wochen wieder aufs Festland zurück.
Im März 1934 verschwand die Baroness mit einem ihrer Liebhaber, Phillipson, und obwohl die Deutsche Margaret angab, die beiden wären mit einer Yacht auf eine pazifische Insel gefahren, glubte ihr niemand. Margaret überzeugte Lorenz, den letzten der 3 Liebhaber, wieder nach Deutschland zurückzukehren. Er verschwand daraufhin mit einem Dänen, Nuggerud, nachdem sie sich auf den Weg nach San Cristobal gemacht haben. Einige Monate später wurde Dr. Ritter von Dore vergiftet (absichtlich oder aus Versehen?) und starb. Im Dezember fand man die mumifizierten Leichen von Lorenz und Nuggerud auf Marchena Island. Von 10 Kolonisten starben oder verschwanden 5 auf mysteriöse Weise. Dieses Mysterium konnte nie gelöste werden. Wie dem auch sein, Familie Wittmer lebt noch immer auf der Insel.
Und nochmal begang Ecuador den Fehler, auf den Inseln eine Strafkolonie zu errichten. 1946 nutzte man die Inseln als militärische Einrichtung auf einer alternativen Basis, die während des Krieges operierte. Unglücklicherweise geriet die Situation etwas außer Kontrolle und die Strafkolonie verwandelte sich in ein Konzentrationslager bis 1950, als ein Polizeichef die Gefangenen zwang, eine Mauer zu errichten. Diese Mauer ist bekannt als "Mauer der Tränen". Im Februar 1958 gab es einen Aufstand: ein smarter Gefangener namens "Patecuco" entwaffnete die Polizei und nahm "Valinda", die Yacht eines amerikanischen Millionärs, und nutzte sie als Fluchtvehikel zum Festland. Während des Aufstandes gab es keine Toten, aber der Vorfall zog internationale Empörung nach sich, so dass die Regierung die Strafkolonie schloss und endlich aufhörte, Gefangene auf die Inseln zu schicken.
