Fray Tomas de Berlanga, Bischof von Panama, dokumentierte den offiziell ersten Besuch der Galapagos Inseln im Jahre 1535. Gesandt, um die Berichte der barbarischen Verhältnisse der Eroberer im heutigen Peru zu untersuchen, wurde sein Schiff westlich in die ozeanischen Strömungen geleitet, er kam vom Kurs ab und strandete auf den Inseln.
Er schrieb, dass das Land dort, bewohnt nur von Vögeln, Robben und Reptilien wie folgt sei: "Abfall, wertlos, denn es hat nicht mal die Kraft, um auch nur Gras wachsen zu lassen, maximal Disteln."
Mit aufgebrauchten Wasserquellen suchten der Bischof und seine Crew nach Süßwasser, fast vergeblich. Frustriert und leidend besorgten sich die Männer die lebensspendende Flüssigkeit aus den Kakteen der Inseln. Ernüchtert verließen sie sie Inseln, nicht aber, ohne dem König von Spanien Carlos V von diesen merkwürdigen und dumm-zahmen Lebewesen dort zu berichten. Und sie berichteten auch von den zahlreichen "Galapagos" (Riesenschildkröten, benannt nach einer Sattelart, die den Schildkröten ähnelte) und dieser Name blieb bis heute haften.
Das war das erste Mal spanischer Entdeckung, gefolgt von Magellan's Weltumsegelung gerade ein Dutzend Jahre später und auch von Balboa's Entdeckung des Pazifiks 2 Dutzend Jahre später.
Motiviert von den Entdeckern und Eroberern des Kontinentes, gab eine Gruppe verloren gegangener Seefahrer den Inseln einen weiteren Namen: 1546 zettelte eine Gruppe aufsässiger Soldaten von Pizarro an, was man als den ersten Putschversuch Südamerikas bezeichnen könnte. Besiegt und vom Kontinent verbannt hatten die Aufmüpfigen wenig bis gar kein nautisches Wissen und trieben, wie viele Tiere zuvor, getrieben von den Strömungen, auf dem Meer herum. So lang, bis sie zu den Galapagos Inseln kamen. Mit ihren fast nich vorhandenen maritimen Fähigkeiten versuchten sie, die Inseln per Sicht anzufahren. Mit Nebel kämpfend und von der Strömung getragen kam es ihnen so vor, als würden die Inseln selbst sich bewegen und nannten sie daher: "Las Islas Encantadas", die "Verzauberten Inseln".
Die Inseln erschienen schon früh auf Karten. Die erste stammt aus dem Jahre 1561, bald schon erschienen sie auf holländischen Karten, etwa von Mercator (1569) und Ortelius (1570). Der Name der "Verzauberten Inseln" zeigte sich auf einer Karte von Ortelius aus 1589. Guerrit’s Karte aus 1622 zeigt 3 Inseln mit den Namen Isabela, Santa Cruz und San Cristobal.
Die Inseln erschienen im 16. Jahrhundert auf der Karte als "Insulae de los Galopegos."
