Obwohl sie den Galapagos Inseln im ersten Jahrhundert nur wenig Aufmerksamkeit schenkten, erforschten die Spanier die Inseln und gaben ihnen Namen, bekannt als "die alten spanischen Namen", ohne sie jedoch eindeutig zu identifizieren. Daher war "Isla de la Salud" oder "Santa Maria" vermutlich die gleiche Insel, die heute als Floreana bekannt ist; "San Bernabe" ist heute Isla Santiago; "Mascarin" ist anzunehmenderweise Española; "La Isla de Tabaco" ist San Cristobal. Später sollte "Isla Santa Isabela" als Isabela identifiziert werden. Die Inseln "Islas Santa Maria" (Tortuga, Crossman) erscheinen in verschiedenen französischen Karten. 1744 erstellte die Geographic Source eine deutlichere Karte mit diversen spanischen Namen.
Verschiedene englische Walfänger entdeckten, dass die Wale zu den Galapagos Inseln kamen, um sich zu paaren. 1788 erreichte das Schiff Emilia das englische Reich mit 140 Tonnen Walöl und 888 Seerobbenfellen. Kurz danach kam die Beaver of Nantucket (USA) mit 1300 Tonnen Walöl zurück. Es war er Beginn einer wahren Hetzjagd auf die Tiere. 1793 kam Captain James Colnett auf die H.M.S. Rattler, um Möglichkeiten zu untersuchen, eine Walfangstation im Südpazifik aufzubauen. Am Ende des Jahrhunderts durchkreuzten nicht weniger als 40 englische und amerikanische Walfängerschiffe regelmäßig die Gewässer um Galapagos während die Wale zum Paaren kamen. Dabei jagden sie auch nach Seerobben und Schildkröten. Es ist nicht klar, wieviele Tausende Schildkröten getötet wurden. Es gab weitaus mehr Walfänger (die wie gesagt auch Schildkröten fingen), als Piraten und Seeräuber und so starben einige Schildkrötenarten schnell aus. Etwa 200.000 Exemplare wurden im Laufe des 19. Jahrhunderts wohl gefangen.
Durch das Jagen der Spermwale in südamerikanischen Gewässern, hinterließen die Walfänger anhaltende Auswirkungen auf die Inseln, die noch heute zu spüren sind: Nicht nur die fast komplette Ausrottung der Spermwale, sondern auch die der Elefantenschildkröten. Nebst dieser Tragödien bauten sie jedoch auch die inoffizielle Barrel - Poststation auf Floreana.
So wurde eine Tradition ins Leben gerufen, die noch heute von den Touristen aufrecht erhalten wird. Die Poststation bestand aus einem leeren Weinfass in welches abfahrende Seefahrer ihre Briefe warfen. Seefahrer, die zu den Adressen der angegebenen Häfen segelten, nahmen die entsprechenden Briefe aus Nettigkeit mit. Das ursprüngliche Postfach wurde zerstört und so hat der Park Service es ersetzt, so dass Touristen die alte Tradition weiterführen können: Postkarten für Freunde dortlassen und im Gegenzug welche mitnehmen, um sie auf dem Festland zu versenden.
Unter den Walfängern, die hierherkamen, war auch Herman Melville, der großartige amerikanische Schriftsteller und Autor von Moby Dick. Melville war unbeeindruckt von dem, was er dort sah, "fünfundzwanzig Schlacke-Haufen, die hier und dort abgeladen wurden, ohne und fernab jedweder Städte.", aber dennoch schrieb er eine Kurzgeschichte, Los Encantadas, die auf den Inseln spielte, veröffentlicht im Jahre 1854. Der Titel ist genau der Name, den auch die Walfänger oftmals benutzten, "The Enchanted Isles", "Die verzauberten Inseln".
