Die strategische Lage der Inseln wurde schnell wichtig als die Zeit für das Öffnen des Panamakanals näherrückte. Verschiedenste europäische und amerikanische Größen versuchten, einen Teil der Inseln oder gleich das ganze Archipel zu mieten oder kaufen. Sie wollten es nutzen als Auftankstation für Navy Schiffe oder, noch wichtiger, für die Verteidigung des Kanals auf der Pazifikseite. Sie versuchten gar, die Inseln als "res nullius" (das Land, das niemandem gehört) auszurufen. Ecuador widerstand aber dem Druck, gab jedoch einige der Inseln ab zur Verteidigung während des 2.Weltkrieges.
William Robinson lebte auf seiner Yacht in Tagus Cove, studierte die Flora und Fauna der Inseln, als er einen schlimmen Fall von Blinddarmentzündung erlitt. Seine Situation wurde schnell kompliziert, aber glücklicherweise war der Thunfischfänger "Santa Cruz" in der Nähe und kontaktierte per Radiofunk die Marines, welche am Panamakanal stationiert waren. Als die Erlaubnis rausging, flogen 2 Wasserflugzeuge zu den Inseln. Sie kamen noch pünktlich, um Robinsons Leben zu retten und so wurden schließlich regelmäßige Flüge zu den Inseln organisiert. Das erste Flugzeug, das Post von der Kanalzone zu den Inseln transportierte, flog am 06. Februar 1936. Eine Erinnerungsbriefmarke wurde kreiert. Die ersten kommerziellen Flugzeuge landeten am 03. Januar 1959 mit der LIA Airlines und später auch TAME, Ecuadors Airline (06. Juni 1963). TAME bietet bis heute Flüge auf die Inseln an.
Die Vereinten Staaten von Amerika sahen die Galapagos Inseln als notwendig an für das Bewachen des Kanals. Seit 1928 hatte die U.S. alle Alternativen im Falle eines Krieges studiert, suchte sich Baltra als Hauptbasis aus und berief die "Galapagos Units" ein. Die Luftwache begann 5 Tage nach dem japanischen Angriff auf Pearl Harbor. Im März 1942 begannen die Operationen in der Basis: die U.S. baute 3 Landebahnen (das erste Flugzeug, ein B24 landete im Mai) und die Marines hatten ihr Zentrum in der angrenzenden "Eolian Cove" und konstruierten ein Dock (das immernoch benutzt wird), Wasserflugzeugrampen, etc. Insgesamt konnte die Beta Base, wie sie auch genannt wurde, 6000 Männer aufnehmen. Obwohl die Beta Base niemals einen Notfall hatte, erkannte die Union, dass die Galapagos Inseln eine wichtige Rolle gespielt haben. Daher versuchten sie, die Basis nach dem Krieg zu halten oder zu kaufen. Die offizielle Übergabe an Ecuador fand im Jahr 1946 statt, doch die letzten Kontingente blieben noch bis zu Beginn des Jahres 1949.
